Homura’s Revenge es un spin-off que nos relata qué habría pasado si Madoka Kaname hubiera sabido que la transformación tendría graves consecuencias. Esta recuerda perfectamente otras líneas temporales, pero también lo hace Kyubey. ¿Será capaz Madoka de ir un paso por delante? Madoka Kaname, la chica que alguna vez fue el pilar para la ley de los ciclos, y Sayaka Miki, la chica que alguna vez perdió su vida cuando se agotó su poder mágico; ambas aparecen frente a Homura. ¿Cuál es el significado de la aparición de dos chicas que se supone que no deberían existir más? ¿Acaso Nagisa Momoe, la nueva Puella Magi de rostro inseguro, tendrá la verdad al respecto? ¿Y qué es ese nuevo enemigo que atenta contra el orden de Dios y amenaza al mundo?